2001年９月、国内初の感染牛が見つかったBSE（牛海綿状脳症）を巡っては、畜産業や酪農、食肉関係の流通・サービス業などが深刻な打撃を受けた。 　すでに与党に加わっていた公明党は、食の安全確保、農水省の信頼回復、そしてBSEの影響で経営が悪化している企業への支援策など、多角的な対策を主導していった。 　たとえば、02年3月にはBSE関連新融資制度がスタート。これは、打撃を受けた中堅外食事業者が、経営安定化に必要な資金を金融機関から借り入れる際、８割以内を無担保で保証し、金融機関から最高１億円の融資を受けられるようにしたものだ。 　また、「BSE対策特別措置法」（02年6月）の成立に際しても、公明党は中心的な役割を果たした。同法には「（感染源と疑われる）牛肉骨粉の使用禁止」「死亡牛の届け出、検査実施」「全頭に識別標の装着義務づけ」「関係業者の経営安定化」などが盛り込まれ、消費者の不安解消や事業者救済に大きく寄与するものだった。